少年三国志2中的组合副本是游戏玩法的重要组成部分，为玩家提供了多样化且富有层次感的挑战，这些副本并非单一模式，而是根据挑战目标与资源产出划分为数个主要类别。恶梦副本作为一个典型的高难度组合挑战体系，其内部就系统地包含了历史战役挑战、英雄试炼和资源副本挑战这三大类，每一类都拥有独特的背景设定与通关要求，共同构成了游戏后期玩家检验战力与策略深度的核心环节。
组合副本的结构内容丰富多元，除了上述恶梦副本的细分，游戏内还存在如日常副本这样的组合，它依据星期几的变化规律性开启，例如突破石副本、银两副本、极品精炼石副本等，分别对应着武将突破、通用货币和装备精炼等关键资源的获取。而名将副本作为一种特色玩法，允许玩家化身为特定名将亲历其传奇故事与战役，提供了不同于主线剧情的沉浸式体验。时空外传活动下的诸侯并起等副本，则融合了探索、收集宝箱与触发剧情的元素，展现了组合副本在玩法设计上的广度。
参与这些组合副本需要满足一定的前置条件，它们的解锁通常与玩家的主线进度和角色等级直接挂钩。名将副本以及组合副本中的材料副本，一般需要玩家推进至主线剧情特定章节且主角达到相应等级后才会自动开放，材料副本进一步分为经验、铜币和强化石等不同类型，并设有不同难度梯度。部分高级副本如镇魂副本，则包含多个难度递增的关卡，对玩家的综合战力提出了明确要求。了解并达成这些解锁条件是规划游戏进程、高效获取资源的第一步。
挑战组合副本需要兼顾战力提升与战术策略，战力是通关的基础，涉及武将的等级、装备、技能、星级以及宝物的系统化培养。在战术层面，则需根据副本的特定机制灵活调整，例如面对不同敌人类型时，阵容需要在群体输出、单体爆发、控制效果与治疗辅助之间取得平衡，并注意利用兵符合击等核心技能系统。对于探索类副本，遵循既定路线并与关键NPC互动是达成完美通关的前提。资源管理也至关重要，日常副本的挑战次数、体力分配以及通过副本产出的培养材料，都需要玩家进行合理规划以确保持续性的实力成长。
这些副本各自拥有清晰的目标定位与差异化的玩法机制，它们共同服务于玩家的长期养成目标，是获取稀有装备、高级培养材料及大量游戏内货币的主要途径。系统性地挑战并攻克这些副本，对于玩家稳步提升实力、体验完整游戏内容具有不可或缺的意义。
