安妮号（亦常译作圣安奴号）是一艘停泊在枯叶市码头的豪华游轮，也是玩家推进主线剧情、获取关键道具的重要场景。登船需要持有从华蓝市帮助研究员正辉后获得的船票。这艘船结构复杂，分为多层，内部有许多房间，住着不少训练家，是一个获取经验值和各种道具的绝佳地点。整艘船的氛围独特，从豪华的客舱到忙碌的厨房一应俱全，为玩家的冒险增添了一段海上插曲。
登船后，建议玩家对船内进行细致探索。从作为主甲板的第二层开始，由右向左搜索房间，可以依次遇到训练家对战、进入能够回复宝可梦全部状态的休息室、获取技能机器31劈瓦。在左下角的厨房里，检查三个桶能分别获得涩栗、甜桃、辣樱三种树果，这些在游戏后期有其用途。接着前往第一层，在楼梯旁的垃圾桶里能找到超高级药水，附近的房间内还可以拿到超级药水和技能机器44睡觉。继续往上探索，还会遭遇更多训练师，并获得星球之砂等道具。
在安妮号上最重要的目标是获取秘传技能机器HM01居合斩（又称一字斩）。这是砍断游戏中挡路小树的必备技能。要获得它，玩家需要击败船上所有的训练师，包括在前往顶层路上必然遇到的劲敌盖瑞。他的队伍包括比比鸟、初始御三家的进化型等宝可梦，有一定强度，建议在挑战前做好准备。击败所有对手是触发后续剧情的关键条件。
完成所有对战并到达顶层后，玩家需要进入船舱深处的船长室。船长因为严重的晕船而无法行动，此时与之互动，按照提示完成一段快速的按键操作（如连续按下A键）来帮助船长缓解不适。成功帮助船长恢复后，他会为了表示感谢，将珍贵的HM01居合斩赠送给玩家。这个流程是游戏设定好的固定情节，确保了玩家能够顺利获得这一推进剧情的关键技能。
拿到居合斩并离开安妮号后，这艘船便会从枯叶市码头驶离，之后在游戏一周目中不会再返回。玩家需要让队伍中的一只宝可梦学习居合斩，随后便可以劈开枯叶市道馆旁边的小树，从而进入道馆挑战电系馆主马志士。这个技能也为之后探索诸如通往紫苑镇的岩山隧道等地区扫清了障碍，开启了新的探索路线。
