过海的主要方法是使用秘传技能冲浪（HM03）。该技能需要先获得相应的徽章才能使用，具体为击败华蓝市的水系道馆馆主小霞后获得蓝色徽章。冲浪技能可以教授给水系或部分兼容的宝可梦，在野外水域或特定海域使用后即可在水面上移动。需部分海域存在漩涡或特殊地形，需要后期获得更多徽章后才能完全探索。
游戏中期在枯叶市码头可以获得船票，随后可搭乘圣安奴号往返于关都地区和七之岛。渡轮不仅提供跨区域交通，船上还设有训练师对战和道具收集环节。部分岛屿剧情需要先完成主线任务才能解锁航线，例如解决火箭队基地事件后才会开放前往一之岛的航线。
当玩家完成五之岛任务后，系统会强制安排乘船前往六之岛继续剧情发展。这类过海方式属于线性流程的一部分，不需要玩家主动操作交通工具。在七之岛任务链中，部分岛屿间的移动还会触发与NPC的对话剧情，这些内容会直接影响后续地图的开放进度。
部分隐藏区域需要组合技能才能到达。比如双子岛深处存在需要同时使用冲浪和推石（HM04）才能进入的洞穴，这种设计增加了海域探索的复杂度。七之岛部分水域存在暗流，必须按照特定路线移动才能抵达隐藏地点，这类设计往往与神兽捕捉或稀有道具获取相关。
后期解锁的飞空（HM02）技能虽然不能直接用于跨海，但可以快速抵达已访问过的港口城市。这种移动方式能显著提升重复跨海效率，特别是在收集全图鉴时需要频繁往返不同岛屿的情况下。飞空技能的使用受限于城市间的固定航线，无法替代冲浪在探索未知水域时的作用。
